A finales del siglo XVII, en tiempos del
Obispo dominico Fray Alonso de Santo Tomás, un vecino de la ciudad llamado Juan
Valverde construyó a su costa una capilla callejera en las inmediaciones del
puente, en la cual se habría de dar culto a la imagen de un Crucificado bajo la
advocación del Perdón. La intención con la que se fundó la capilla era la de dar
luz al ámbito de la calle Marqués y evitar así los "pecados y abominaciones" que
se daban en aquel lugar.

La
devoción a la Virgen de los Dolores la introdujo un feligrés de San Juan llamado
Martín Federico, quien fundó un rosario nocturno en 1747 popularmente conocido
como Hermandad de los Tiñosos, ya que parece ser que aquel se dedicaba a sanar
dicha enfermedad. Al no tener otro lugar para ello solicitó permiso para
depositar la imagen de la Virgen y los enseres en la capilla de Cristo del
Perdón. Al poco tiempo surgieron desavenencias entre ambas instituciones,
disolviéndose el Rosario y quedando la imagen de la Virgen en dicha capilla.
Con
posterioridad a estos hechos se ignora la suerte que correría la imagen de
Cristo del Perdón ya que no ha sido posible encontrar noticias que se refieran a
ella, pues sólo la imagen de la Virgen continuó recibiendo culto ininterrumpido.
En 1927, los atirantados de
la zona de la actual plaza de Arriola obligaron a demoler la antigua capilla y
por tal razón la imagen de la Virgen fue trasladada al otro lado del río,
concretamente a la fachada este de la iglesia de Santo Domingo, donde la
Archicofradía de la Esperanza le labró una pequeña capilla que ha subsistido
hasta 1992, año en el que se procede a su demolición para construir la que
actualmente ocupa.
La
etapa actual de la Cofradía parte de su reorganización en 1982, previamente a
ella, a finales de la década de los setentas comenzó a rendírsele a la imagen un
culto algo más brillante que el que se le
tributaba
anualmente con motivo de su septenario; ya en ese año, y a instancias del
entonces Párroco de Santo Domingo D. Antonio Ramírez Mesa (q. e. p. d.), se
constituyó una Comisión Reorganizadora de la que fue Cofradía del Santísimo
Cristo del Perdón y Ntra. Sra. de los Dolores.
Entre 1983 y 1986 la
Cofradía siguió realizando su procesión el Viernes de Dolores por las calles de
la feligresía. En la Cuaresma de 1987, siendo ya miembro de la Agrupación de
Cofradías, se bendijo la imagen del Stmo. Cristo del Perdón y en esa Semana
Santa hizo su primera salida Procesional en la noche del Lunes Santo. Al año
siguiente realizó su primera Estación de Penitencia en la Santa Iglesia
Catedral. No obstante no sería hasta 1992, tras un largo proceso de restauración
realizado por los propios hermanos, cuando se instalara en la capilla que
actualmente ostenta.